國家菸草管理局（NTA）在四年期間未向菸草進口商、出口商及轉運商徵收並收取共計5.66477億披索的監管費，根據審計委員會（CoA）的說法。由於該費用從一開始便未被徵收，相關金額從未列入該機構的會計帳目。

審計委員會在其2025年度審計報告中表示，該機構在2022年至2025年間未徵收監管費，導致2022年收入少估1.37461億披索、2023年1.24474億披索、2024年1.39242億披索，以及2025年1.653億披索。

審計委員會指出：「由於未對菸草進口商、出口商及轉運商徵收監管費而導致收入少認列，監管費、累積盈餘及應收款項帳目分別少列1.653億披索、4.01177億披索及5.66477億披索。」

審計人員指出，該機構未認列此項收入，違反了規範收入認列與財務報表編製的國際公共部門會計準則。這些準則是國際公認的規則，規範公共部門實體如何記錄收入及編製帳冊，這也是為何未徵收的費用會以少列的收入、盈餘及應收款項形式浮現。

審計委員會指示NTA的管制部門與其法律顧問協調，為豁免特定菸草公司繳納監管費確立法源依據若無法確立，該機構應計算並徵收適當的費用，以避免被開立追繳通知書（Notice of Charge），這是國家審計人員用以追究未收取政府款項責任的工具。

在另一項查核發現中，審計人員質疑NTA在2023-2024、2024-2025及2025-2026作物年度發放的5,458.6萬披索「菸農生產補助金」現金援助的適當性與合規性。

該補助計畫透過該機構位於卡加延省及伊莎貝拉省的省級辦事處以及民答那峨衛星辦公室，向每位符合資格的菸農提供6,000披索。

然而，審計委員會表示，由於登記文件缺失、土地持有違規、身分紀錄不符，以及缺乏經核准的受補助人名單，無法確認受補助人是否符合該計畫的資格要求。

在民答那峨，550名共計領取330萬披索的受補助人無法證明其為已登記的菸農。在卡加延，另有613名領取367.8萬披索的受補助人缺乏耕作或市場契約關係的證明文件。

NTA也未提交涵蓋民答那峨2,300名受補助人（金額1,380萬披索）及另1,666名受補助人（金額999.6萬披索）的經核准受補助人名單。在卡加延，由於368名預審合格的農民其後被認定不符資格，220.8萬披索（相當於補助金額的37.51%）在事後仍閒置未動用。

審計委員會敦促該機構立即更新其農民名冊資訊系統，並建立定期驗證程序，以確保其紀錄準確反映符合資格的菸農。兩項查核結果皆源於相同的缺失：該機構無法以文件證明誰應繳納費用、誰符合補助資格。

審計委員會同樣對NTA的2025年度財務報表出具保留意見，該報表涵蓋該機構當年度的財務狀況與營運情形。保留意見意味著審計人員認定財務報表除特定待修正事項外均屬允當表達。截至2025年12月31日，NTA另有2,667.4萬披索的審計剔除款尚未繳回，且往年20項審計建議中仍有12項未執行。後續值得觀察的訊號屬程序性質：NTA是否為費用豁免確立法源依據或計算並徵收相關費用、更新其農民名冊，並處理未結的審計建議。 — Pexcel John Mackenzie