菲律賓審計委員會（CoA）——這個肩負查核政府機關帳務的憲政機關——點名農業部（DA）有135.7億披索的庫存交易缺乏文件佐證、133.5億披索的庫存帳目未經核對，且多項重大農業計畫與基礎建設工程出現延宕。

國家審計員在其年度審計報告中指出，農業部各辦公室普遍存在帳冊管理缺失，包括44.4億披索庫存未經盤點或未列入報告，以及619萬披索的會計認列錯誤。審計亦發現，涵蓋135.7億披索庫存交易的採購與配撥紀錄缺乏佐證文件。文件缺失使審計員無法獨立驗證相關交易，而被列入年度審計報告的機關須就後續建議採取行動，審計委員會會在各審計週期中持續追蹤。

此外，五個農業部辦公室未依規定在年底前，將5.5512億披索的閒置現金餘額及未動用計畫經費繳回國庫局或原撥補機關。審計委員會表示，此一失職「損及全民權益，這些資金原本可用以充實國家政府推行其他計畫與工程時的匱乏資源」。

審計同時發現，外資援助的菲律賓鄉村發展計畫中有27個總值38.1億披索的子計畫嚴重延宕。審計員發現價值11.5億披索的設施存在結構瑕疵或維護不當，另有28個總經費2.7931億披索的子計畫未能運作或運作量能低於目標。其他執行缺失涉及總值4.7166億披索的子計畫，另有三個總值4,500萬披索的企業子計畫遭取消。整體而言，查核發現涵蓋從施工品質到完工後營運的整個專案週期。

國家有機農業計畫同樣面臨管理與執行缺失。據審計委員會指出，農業部未能發布必要的監測與評估指引，也未為有機產品訂定經核准的行議程。採購瓶頸及其他限制因素，導致該計畫2024與2025年規劃的94項活動中有56項未完成或僅部分完成。

審計委員會表示：「這些延宕主要歸因於採購問題及其他執行限制，影響了在地農民及時受惠。」

其他農業計畫也未達成執行目標。審計報告指出，數位農業計畫的11項目標活動中有8項未能完成，而KADIWA財務補助計畫僅觸及289名預定受惠者中的131人。

審計員亦指出，在九個地區更新「農業基本部門登記系統」（RSBSA）的農民與農地紀錄時，田野查核作業不足。

審計委員會表示：「結果，未經查核或錯誤的資訊經核准並登錄於登記系統，可能影響依賴RSBSA紀錄的農業計畫與措施在受惠者識別與鎖定上的準確性。」

報告並顯示，農業部在結清先前發出的15.8億披索審計通知後，截至2025年底仍有79.4億披索的審計暫停、剔除與追繳款項未結清。暫停、剔除與追繳屬於問責通知，在解決或結清之前將持續列於機關帳上。該機關已落實先前295項審計建議中的151項，35項仍未執行，另有109項遭審計員重申或修訂——這是一種結轉機制，早期報告中未解決的事項會再次提出，意味著農業部對本次查核結果的回應將在未來的審計週期中處理。

— Pexcel John Bacon, BusinessWorld