宪法规定的政府账目审查机构——审计委员会(CoA)通报农业部(DA)，涉及其135.7亿比索缺乏凭证的库存交易、133.5亿比索未能对账的库存余额，以及多项主要农业计划和基建项目的延误。

在其年度审计报告中，国家审计人员指出了农业部各办公室的记录管理缺陷，包括44.4亿比索未盘点或未报告的库存，以及619万比索的会计确认错误。审计还发现，涉及135.7亿比索库存交易的采购和分发记录缺乏支持文件。文件缺失使审计人员无法独立核实相关交易，而被列入年度审计报告的机构须对相关建议采取行动，审计委员会将在后续审计周期中持续追踪。

此外，五个农业部办公室未按要求在年底前将5.5512亿比索的闲置现金余额和未动用项目资金退还国库局或原拨付机构。审计委员会表示，这一失误"损害了公众利益，使原本可补充国家政府稀缺资源、用于实施其他计划和项目的资金未能到位。"

审计还发现，外援资助的菲律宾农村发展项目中，27个价值38.1亿比索的子项目存在严重实施延误。审计人员发现价值11.5亿比索的设施存在结构性缺陷或维护不足，另有28个耗资2.7931亿比索的子项目未投入运营或运营低于目标产能。其他实施缺陷波及价值4.7166亿比索的子项目，另有三个价值4500万比索的企业子项目被取消。总体来看，这些发现覆盖了从施工质量到完工后运营的整个项目周期。

国家有机农业计划同样存在管理和实施缺陷。据审计委员会称，农业部未能发布所需的监测与评估指南，也未能为有机产品制定经核准的营销议程。采购瓶颈和其他制约因素导致该计划2024年和2025年的94项计划活动中，有56项未完成或仅部分完成。

审计委员会表示："这些延误主要归因于采购问题和其他实施制约因素，影响了当地农民及时获得相关惠益。"

其他农业计划也未达实施目标。审计指出，数字农业计划的11项目标活动中未能完成8项，而KADIWA财政补助援助计划的289名目标受益人中仅有131人获得帮助。

审计人员还指出，在九个地区更新农业基础部门登记系统(RSBSA)下的农户和农地记录时，实地核查不足。

审计委员会表示："因此，未经核查或错误的信息被核准并录入登记系统，可能影响依赖RSBSA记录的农业计划和干预措施对受益人的准确识别和精准定位。"

报告还显示，截至2025年底，农业部尚有79.4亿比索未结清的审计暂停、驳回及追责事项，此前已结清15.8亿比索发出的审计通知。审计暂停、驳回及追责属于问责通知，在解决或结清之前将一直保留在机构账目上。该机构已落实295项以往审计建议中的151项，35项仍未落实，109项被审计人员重申或修订——这一结转机制使以往报告中未解决的事项被再次提出，意味着农业部对本轮审计结果的回应将在未来的审计周期中得到处理。

— Pexcel John Bacon, BusinessWorld